伊文蓝道（赖瑞德瑞克饰）一直梦想成为和父亲一样做个医生，当他真正成为小镇医生后，因为妻子突发无可救药的心脏病，使她陷入疯狂境界，为了挽救妻子，他开始实验活体心脏移植，结果一次计划出差错使他变成神经病送进精神病院，在院中他又悄悄进行解剖活人夺取心脏的恐怖实验，在对一位医生不用麻醉药开取心脏后，他逃出医院回到小镇，企图重拾他已经破碎的医生美梦。...

　　故事发生在未来时代，由于宇宙战乱不断，大批外星人纷纷到地球避难。这里所说的黑衣人是专门对付外星人的特殊平平安安，他们的职责就是监视在地球上生活的外星人以及外星人对地球有什么举动。　　K和J是MIB的成员，他们的任务就是监督外星人在地球上的活动。然而在一联串调查未登记外星人访地球记录时，K和J竟发现银河中的恐怖份子正秘密的行动准备刺杀另一星球的大使。由于这个举动将引起宇宙间的征战、世界将面临崩溃...